Il contatore devi per forza farlo in Javascript (per mostrarlo), sempre se vuoi che l'utente veda i secondi che scorrono.

Detto questo php per capire che l'utente ha cliccato sull'estensione del contatore deve "aggiornare" o "cambiare" pagina (che può essere pure la stessa pagina sia chiaro), mentre con javascript (funzioni ajax) non devi cambiare pagina ed il contatore può ripartire da 50 secondi quando un qualsiasi utente preme sul tasto.

Se vuoi vedere come funziona ajax ti consiglio la sezione apposita del forum.