Ho provato a guardare un'attimo sulla rete, per i file pdf pare che php riesca a crearli o ad estrapolarli da Pdf ad Html.

In tal caso potresti prendere il file pdf iniziale, trasportarlo ad html, pulire il codice con php e creare un nuovo file pdf, funziona bene se hai delle "ancore" precise dove dire poi a php di cambiare il testo (come da te richiesto).