Bastano due tabelle, una per il login (con i dati di autenticazione), ed una con i nomi dei file collegati all'utente X piuttosto che Y.

Ti serve un pannello che se è l'admin a loggarsi abbia una funzione di upload tramite form (lo trovi in 3 secondi cercando in internet), una volta fatto l'upload un'altra funzione ti restituisce tutti i file presenti nella cartella "pippo", e fa la cernita da database dei file presenti a database ed assegnati a qualcuno e quelli ancora da inserire, con varie opzioni, Modifica (nome o permessi), elimina, etcetera. Dipende come vuoi impostarlo te ovviamente.