allora ti ripeto quello che ho detto prima: tu hai un application server (jboss) che gira all'interno dell'IDE (suppongo sia netbeans). Il fatto che jboss sia avviato dall'IDE e che tu lo usi significa che tu hai delle impostazioni di default usate dall'IDE che ti aiutano nel deploy e nell'esecuzione della tua applicazione.
Questo è utile (non so per quanto) solo in fase di sviluppo, ma appena passi in produzione hai problemi.
Prima di poter pensare al servizio, devi scegliere un qualsiasi application server (apache tomcat, jboss, was, jetty o quello che ti pare), installarlo, configurarlo, deployare la tua applicazione (e qui prevedo bagni di sangue), testarla nuovamente e poi se tutto va bene l'avvio di quel tuo application server lo metti come servizio.
Se trovi jboss deleterio usa tomcat, il senso è usa quello che ti pare, ma devi fare tutto senza usare l'IDE.

Infine riguardo al "come fare" il web è pieno di guide in tal senso