Ciao e benvenuta/o su html.it
Potrebbe essere perché non hai un ritorno (return) della funzione, modifica cosi:
codice:
<html> 
<head> 
<script type="text/javascript"> 
function prova() 
{ 	
    if (document.ubuntu.scelta[0].checked) 	
       { 		
           alert("Sbagliato"); 
retrun false;	
       } 	
    else if (document.ubuntu.scelta[1].checked) 	
      { 		
           alert("Sbagliato"); 	
return false;
      } 
    else if (document.ubuntu.scelta[2].checked) 	
      {
           alert=("Giusto"); 	
return false;
      }        
     else if (document.ubuntu.scelta[3].checked)        
           alert=("Sbagliato");   
return false;
      } 
document.ubuntu.submit();
} 		 
</script> 
</head> 
<body>  
<form method="get" onSubmit="return prova()" name="ubuntu"> 
<input type="radio" value="Ok" name="scelta" />Karmic Koala 
 
<input type="radio" value="Ok" name="scelta" />Natty Narwhal 
 
<input type="radio" value="Ok" name="scelta" />Oneiric Ocelot 
 
<input type="radio" value="Ok" name="scelta" />Warty Warthog 
 
 
<input type="submit" value="Verifica"/>  
</form>  
</body> 
</html>


P.S. Poi forse capendo l'intento si potrebbe migliorare ottimizzare con un ciclo for