Ho provato a fare questo ma il risultato è identico, in C mi ritrovo tutto A e se ovviamente nell'if finale faccio test!=false il file rimane vuoto. :

codice:
   test = false;
        for ( i; i<SELECTSIZE; i++){
		for ( y; y<DBSIZE; y++){
			if (FILEA[i] == FILEB[y]){
                            test == true;
                            break;
			}
		}
                if(test==false)
                    FILEC << FILEA[i] << "\n";
        }