Da qualche parte devi averle lasciate, altrimenti le variabili di sessione non spariscono da sole.
Dopo averle tolte riparti dal login.
Devi toglierle da tutti i file, quindi anche da index.php (nella quale puoi proprio fare a meno anche di session_strat() ), tranne nell'eventuale pagina di logout, lì è giusto che le variabili usate per il login siano distrutte.

Ovviamente session_start(); devi lasciarla, quella serve.