Non credo sia così semplice.
Cercando con Google ho trovato che esiste una libreria a pagamento che promette di fare ciò che chiedi (io, chiaramente, non l'ho provata).

http://asprise.com/product/jtwain/index.php

Tra gli altri risultati vi sono queste pagine:

http://www.javaworld.com/javaworld/j...726-twain.html
(usa JNI per richiamare il programma specifico dello scanner)

http://today.java.net/pub/a/today/2004/11/18/twain.html
(da una rapida occhiata mi pare che effettui passo passo un esempio di acquisizione... non so che libreria utilizzi)

http://www.gnome.sk/
(dovrebbe essere una libreria, ma non ho approfondito se sia solo per Linux)


Ciao.