il contenuto della pagina esterna deve mantenere uno formato del genere:
codice:
var navHTML = '<div id="nav">' + 
              'il mio codice html +
              '</div>';

document.write(navHTML);
e la salvi con estensione .js

poi nella pagina dove fai l'include <script type="text/javascript" src="miapagina.js"></script>

ovviamente in questo modo non ha nessun senso includere codice php