Dunque, devi chiamare createrepo ogni volta che aggiorni i l repository togliendo / aggiungendo pacchetti.

Quello che mi sembra è che la configurazione di yum punti ad una directory non raggiungibile.

Nel pc server, la directory del repository è /var/www/html/repo?

Avete una proxy?

Hai provato ad usare l'ip invece del dns?

es. baseurl=http://192.168.1.X/repo