1) l'url rewriting non incide su come disponi le tue pagine nel filesystem

2) sempre configurando l'htaccess, puoi decidere se dare accesso o meno ad una directory dove magari tieni tutti gli "include" del sistema. Puoi anche specificare (se non erro) che tipo di errore ritornare (ma non ne sono molto sicuro, vedi http://httpd.apache.org/docs/2.0/mis...de.html#access ) cmq puoi fare una redirect ad una pagina di errore nella quale specifichi il 404 nell'header...


Sistemi come Joomla e Wordpress(credo anche ques'ultimo) non usano questo metodo. Questi avendo un unico punto di accesso, definiscono in questo punto di accesso, ad inizio script, una variabile, e nelle pagine che non vogliono che vengano richiamate direttamente controllano se tale variabile è definita o meno, se non lo è fanno un bell'exit e terminano l'esecuzione dello script.