Come ti avevo già detto (ma non hai neanche aperto il link ...) devi inserire il codice per svuotare il buffer di input.

Inoltre

- la scanf deve essere all'interno del ciclo

- il ciclo deve essere <13

- devi eliminare tutte le altre scanf

Quindi (ti riporto solo parte del codice corretto ...)

codice:
      contatore=0;
      while(contatore<13)
      {
            scanf("%c", &valore); 
	    while (getchar() != '\n');

            if(valore=='1')
            {
                   somma1=somma1+1;
                   contatore=contatore+1;                  
            }   

...