Ciao se ho capito bene non è difficile il tuo problema ... Dimmi se ti basta questo codice per capire oppure devo spiegartelo o scriverne altro...

codice:
import java.io.*;
 
public class Main {
 
       public static void main(String args[]) {
 
            try {
                Runtime rt = Runtime.getRuntime();
                //Process pr = rt.exec("cmd /c dir");
                Process pr = rt.exec("c:\\helloworld.exe");
 
                BufferedReader input = new BufferedReader(new InputStreamReader(pr.getInputStream()));
 
                String line=null;
 
                while((line=input.readLine()) != null) {
                    System.out.println(line);
                }
 
                int exitVal = pr.waitFor();
                System.out.println("Exited with error code "+exitVal);
 
            } catch(Exception e) {
                System.out.println(e.toString());
                e.printStackTrace();
            }
        }
}
Dai ti aiuto un pò di più:


codice:
process = Runtime.getRuntime().exec("cmd.exe /C qui l'eseguibile.exe e qui argomenti");
ES:
codice:
process = Runtime.getRuntime().exec("cmd.exe /C mytest.exe Prova.txt");