La documentazione della classe Runtime dovrebbe già darti tutte le risposte che cerchi.

In particolare, dovrai usare il metodo che si compone di 3 parametri (uno dei due). Ad esempio questo:

codice:
exec(String command, String[] envp, File dir)
Dove i parametri sono:

command - Il comando da eseguire
envp - Un array di parametri da passare al comando
dir - Un oggetto File che rappresenta la "working directory" da cui avviare il programma


Ciao.