Perchè stai scavalcando una riga, e MATLAB sostituisce le righe non inizializzate con tutti zeri.
Perchè quando dichiari:
codice:
D(i,j)=A(i,j)
Tieni presente che alla seconda iterazione i vale 3, stai inizializzando la terza riga di D,non avendo ancora inizializzato la seconda, quindi la matrice diventa una 3x3 e la seconda riga viene messa uguale a zero.

Puoi scrivere invece:
codice:
k=1;
for i=1:2:4
    for j=1:3
        D(k,j)=A(i,j);
    end;
    k=k+1;
end;