I CMS sono strumenti che ti permettono di realizzare siti web.

In modo semplicistico, direi c'è la stessa differenza che abbiamo con le automobili.
Grossomodo con tutte riesci a viaggiare decentemente, ma una Ferrari ha dettagli diversi da una Fiat
Tutte e due hanno un motore, ma probabilmente su di una Ferrari abbiamo un motore che è pensato diversamente da quelle che montano le altre auto.

Poi se hai bisogno di trainare una roulotte andrai a vedere modelli che riescono a farlo perchè predisposti.

Dopo questi esempi terra terra, direi che anche in abito informatico, abbiamo queste differenze.
CMS realizzati con più cura che hanno funzioni native, come moduli forum, gestione utenti granulare, implementazione di funzioni di template, ecc...

Il migliore non esiste secondo me... esiste il CMS che risponde alle tue esigenze e che ti permette di fare quello che desideri.

Typo3 l'ho utilizzato solo una volta e posso dire che è effettivamente diverso da un Joomla.
Non lo utilizzerei per un piccolo progetto, in quanto è molto complesso.
Stesso discorso per Joomla che non lo reputo (discutibile) adatto per progetti di grosse dimensioni.