Ciao, prova a dare ai div con il contenuto float left o right e al footer clear:both, in questo modo dovrebbe sistemarsi in fondo. Non so se è chiaro, ma ho preparato un esempio, vedi se ti può essere utile.
Codice html:
codice:
<div id="content">
	<div id="header"></div>
	<div id="sinistra"></div>
	<div id="destra"></div>
	<div id="footer"></div>
</div>
Codice css:
codice:
#content{
	margin: 0 auto;
	width: 900px;
	height: 1000px;
}

#header{
	width: 900px;
	height: 150px;
	background-color: yellow;
}

#sinistra{
	width: 200px;
	height: 1000px;
	background-color: green;
	float:left;
}

#destra{
	width: 700px;
	height: 1000px;
	background-color: blue;
	float: right;
}

#footer{
	clear: both;
	height: 30px;
	width: 900px;
	background-color: red;
}
Spero di esserti stata di aiuto.