E' un layout molto "ricco" che sinceramente appena l'ho aperto mi ha mandato il pc in swap su disco....
Inoltre apparentemente io il sito lo vedo ben allineato, ma di sicuro quella grafica non aiuta a comprendere cosa vorresti e inoltre ho visto nel codice che crei blocchi da 3000px???? ma scusa... quale schermo è in grado di visualizzare blocchi tanto grandi senza barre di scorrimento!?!?!?

Consiglio:
Posta un codice e un link semplificato al massimo, togli la grafica, metti div con bordi colorati, insomma... schematizza il più possibile e togli tutto quello che non serve, altrimenti tocca destreggiarsi in un codice lungo inutilmente. Dopodiché scrivi qualcosa tipo "Vorrei che il div con bordo verde venisse centrato orizzontalmente nel div con bordo rosso" così almeno siamo sicuri di quello che vuoi e su cosa vuoi che si lavori!! (famosa citazione: aiutaci ad aiutarti)