il fatto che debba valere per tutto il sito non e' una discriminante: includi lo script in tutte le pagine

se veramente non c'e' sempre un elemento "soggetto" del tuo plugin, ma mi suona veramente strano considerata la potenza dei selettori di jquery,
puoi scrivere un plugin che estenda jquery stesso

in tal caso richiamerai
$.nomePlugin()

da dentro il plugin pero' dovrai sempre ricavarti gli elementi coinvolti, quindi non ne vedo una stretta necessita',
in genere si usa questa tecnica quando piu' plugin possono far riferimento a metodi definiti dallo sviluppatore, che quindi finiscono per estendere direttamente jquery

per quanto riguarda prendere valori dalla pagina in questione, lo fai come lo faresti in normale javascript, guardi l' indirizzo del documento, guardi un eventuale querystring, eventuali globali settate al momento della valutazione etc etc

ciao