vediamo se ho capito, tu usi come entry point del sito la pagina root/index.php, questa dovrebbe fungere anche da template fornendo uno stile standard per il layout(header, footer, colonne laterali), quindi con ajax di volta in volta carichi solo il contenuto della pagina come se fosse una sottoview. Dunque quando carichi una sottoview tutti i riferimenti ai fogli di stile sono sballati... come ti hanno già detto usare ajax non ha molto senso, alla fine faresti lo stesso usando include di php, comunque l'unica soluzione al tuo problema sarebbe usare gli url in riferimento assoluto, la rottura è che quando da locale passi a remoto devi cambiare gli url, altra soluzione includi in root/index.php un file di configurazione con una variabile che contiene il basepath da preporre ad ogni url.