I path relativi dovrebbero essere con slash iniziale /js/....
Ad ogni modo se guardi la sorgente CTRL+u, clicca ad esempio sul file js. Se il path e' sbagliato vedrai un errore se correttto vedrai il file js.
Poi non so se hai anche un problema di conflitto dato che usi prototype(e forse jquery). In tal caso dovresti usare Jquery noConflict() perche' spesso e volentieri le librerie usano il "$" come identificativo.