se deve/vuole utilizzare l'ide non deve uscire, questo è certo. Ho utilizzato spesso tomcat su ECLIPSE e non dovevo certo chiudere e riaprire ogni volta che facevo una modifica delle librerie, in teoria basta riavviare il server locale da ECLIPSE... poi certo se è all'inizio meglio che faccia da solo senza il supporto dell'ide, sicuramente impara di piu...