Si hai ragione , era proprio quello l'errore...
Per la cronaca ho risolto con:

codice:
String s=read ("CODICICATASTALI.txt","UTF-8").replaceAll("\r\n","\t");
Ps. nel codice c'era un errore di distrazione nell'ultimo for per ricavare la cifra di controllo , diventa:

codice:
for(int i=0;i<temporanea.length();i++){
prima ci stava <temporanea.length() - 1


Grazie 1000 andbin , come sempre!