beh allora ti devi gestire ogni caso, lo puoi fare utilizzando l'opzione errorPlacement
codice:
$().ready(function() {
	$("#new_company").validate({
		submitHandler: function() { 
			alert('tutti i dati sono stati inseriti correttamente!');
			document.getElementById('new_company').submit();
		},			
		rules: {
			company_name: {
				required: true,
				minLength: 5,
				maxLength: 32
			}			
		},
		messages: {
			company_name: {
				required: "Inserisci l'username",
				minLength: "Minimo 5 lettere",
				maxLength: "Massimo 32 lettere"
			}
		},
                errorPlacement: function(error, element) {
                     
                }
	});
});
La funzione errorPlacement ha due parametri di input
- error è il contenitore della label d'errore
- element è il campo che è andato in errore.

Devi decidere semplicemente dove vuoi posizionare l'oggetto error nel dom.