Dal tipo di eccezione, direi che il problema si sposta al punto 2 (ciò non esclude che ve ne siano anche riguardo al punto 3).
Ci sono problemi con la connessione verso il server: la macchina "client" riesce a raggiungere quella dove c'è il server MySQL ma questo non risponde. Probabilmente c'è un firewall che ne blocca la connessione.

Verifica che la porta 3306 non sia chiusa da qualche firewall e/o che non vi siano altri programmi (come l'antivirus, ma mi pare strano) che bloccano l'accesso.


Ciao.