Io faccio così: inserisco i parametri in un file di testo esterno (xml) creato dall'applicazione la prima volta che viene avviata.

Il controllo è sul se il file esista o meno: se esiste significa che il setup è già stato fatto, altrimenti è la prima volta, in quest'ultimo caso apro un Dialog, ovvero una finestra che non è possibile chiudere e che ha la priorità sulla finestra principale (tradotto: l'utente non può interagire con l'applicazione finchè non completa il setup) e in questa chiedo all'utente l'inserimento dei parametri di installazione.