Ho fatto anche io una cosa del genere, però come IDE uso Eclipse. ver. galileo.

Allora quando crei in jar, mi vengono creati sia il jar, che la cartella contenente le librerie che di solito ha il nome che hai dato al jar più "_lib" almeno in eclipse fa così.

Poi ho spostato il tutto dentro un sistema operativo MAC osx Leopard doppio click sul jar e parte l'applicazione.

Io non ho fatto altro