Usa questa che non fa uso di indexOf:

codice:
var province = [ ["84", "Agrigento", "19"], ["6", "Alessandria", "1"], ["42", "Ancona", "11"] ];

function trova (cosa) {
	for (var nIndexOf = province.length - 1; nIndexOf > -1 && province[nIndexOf][0] !== cosa; nIndexOf--);
	return nIndexOf;
}

alert(trova("42"));
// hai ottenuto l'indice di quello che cercavi