bhe, dipende da come ti trovi più comodo tu...
Ognuno ha il suo modo...

Io di solito ho

codice:
controllerBase.php
 - cartellaModulo1
     - controller.php
     - model.php
     - cartellaView
         - view1.php
         - view2.php
 - cartellaModulo2
     - controller.php
     - model.php
     - cartellaView
         - view1.php
         - view2.php