devi ricordare (come ti ha chiesto francesco) che le web application girano all'interno di un web container (il web Server) e che all'interno del proprio contesto sono libere di fare ciò che vogliono.
Tu che ti colleghi ad una pagina web in realtà chiedi al server ti eseguire per te qualcosa e il server ti risponde con la pagina che visualizzi dal tuo pc.
A meno di casi eccezionali in realtà NON lanci una applicazione (java) da una pagina web.
Al massimo puoi fare eseguire ad un video player embeddato nella tua pagina un video che a te interessa (è diverso, non parte il media player di sistema per intenderci).

Una ricerca su google dovrebbe aiutarti a capire come fare.