Ciao ho visto un po il codice e ho modificato un po il codice, in questo modo il tronco va sotto la chioma dell'albero ma si deve sistemare lo spazio bianco. Intanto ho inizializzato a zero la variabile asterischi2 e il printf del tronco l'ho messo all'interno del while in modo che non crea una linea di asterischi. Spero ti possa aiutare. Ciao 
codice:
#include<stdio.h>
int main()
{
printf("Buon natale e felice anno nuovo:\n\n");
int i, bianchi, asterischi1, asterischi2, altezza, fusto;
bianchi=0;
asterischi1=0;
asterischi2=0;
printf("Inserisci l'altezza della chioma dell'albero di natale:");
scanf("%d", &altezza);
printf("Inserisci l'altezza della fusto dell'albero di natale:");
scanf("%d", &fusto);
for(i=1;i<altezza;i=i+2)
{
while(bianchi<(altezza-i)/2)
{
printf(" ");
bianchi++;
}
while(asterischi1<i)
{
printf("*");
asterischi1++;
}
printf("\n");
bianchi=0;
asterischi1=0;
}
while(asterischi2<fusto)
{
printf("**");
printf("\n");
asterischi2++;
}
system("PAUSE");
}