Allora vediamo se ho capito bene
in pratica il nostro file .htacces quando viene effettuata la richiesta di una pagina al nostro server, prima di ricercare la pagina richiesta prende l'url e lo manipola cosi che il motore di ricerca lo vede come link di una pagina fisica esistente mentre in realtà è una pagina creata da ajax mediante le variabili passate dall'url giusto? ecco bel metodo non semplice ma funzionante.

quello che pero non capisco è: cosa scrivere dentro il file .htacces per manipolare l'url inviato e dove di preciso dovrei metterlo??

e poi ad ajax hai arriva il link come:
www.miosito.it/index.php?page=1
oppure
www.miosito.it/index.php#page=1 ??

s=&threadid=871868pillola .htacces questa forse è una guida (non ho capito bene perche si chiama pillola) comunque fa al caso mio? forse l'hai già letta