Puoi utilizzare la funzione floatval(), ma nel tuo caso il problema è nella virgola dato che il tuo valore è 5,00000000000000E+005 che viene convertito in 5 invece dovrebbe essere 5.00000000000000E+005 (col punto) che viene convertito correttamente in 500000
Codice PHP:
<?php
$value = "5.00000000000000E+005";
$floatValue = floatval($value);
echo $floatValue;
?>