Ho trovato un primo errore nella dichiarazione del ciclo for e l'ho corretto così

codice:
if (numA.length==numB.length)
		{
			for (int ct=0; ct<numA.length; ct++)
				for (int ct1 = numB.length-1; ct1>0; ct1--)
				{
					if (numA[ct] == numB[ct1])
						System.out.println("Le due stringhe sono una il rovescio dell'altra");
					else
					System.out.println("Le due stringhe non sono una il contrario dell'altra");
				}
	
		}		
		else
			System.out.println("Le due stringhe non sono una il contrario dell'altra");
ma continua a non funzionare.