Un passo alla volta riuscirò a risolvere tutti gli algoritmi di questo mondo.
Ho modificato il codice in questo modo

codice:
if (a.length()==b.length())
		{
			for (int ct = 0, ct2 = b.length()-1; ct <a.length();ct++, ct2--)
			{
				if (ct!=ct2)			
					System.out.println("Le due stringhe non sono una il rovescio dell'altra");
				else
					System.out.println("Le due stringhe sono una il rovescio dell'altra");
			}	
		}
		else 
			System.out.println("Le due stringhe non sono una il rovescio dell'altra");
ma adesso confronta e stampa il risultato per ogni carattere. Ho provato a incrementare ct e decreentare ct2 dopo l'eslse ma non esce più dal ciclo