andava perché indicavi il percorso intero partendo dalla lettera identificativa dell'unità
spostando su linux dovevi mettere il percorso a partire dal punto di mount, che sicuramente non è una lettera di unità a la windows
Comunque la soluzione che hai adottato va bene, ma potevi anche usare percorsi relativi (ad esempio, una sottocartella di quella in cui risiede lo script)