codice:
#include <cstdlib>
#include <iostream>
#include <fstream>
#include <string>
#include <sstream>
using namespace std;


int main () {
char o_letter[17];
string n_letter[17];

{o_letter[0]='b';
o_letter[1]='c';
o_letter[2]='e';
o_letter[3]='h';
o_letter[4]='i';
o_letter[5]='j';
o_letter[6]='k';
o_letter[7]='m';
o_letter[8]='o';
o_letter[9]='p';
o_letter[10]='r';
o_letter[11]='s';
o_letter[12]='u';
o_letter[13]='v';
o_letter[14]='w';
o_letter[15]='x';
o_letter[16]='y'; }

{n_letter[0]="&#1068";
 n_letter[1]="&#1089";
 n_letter[2]="&#1257";
 n_letter[3]="&#1211";
 n_letter[4]="&#1110";
 n_letter[5]="&#1112";
 n_letter[6]="&#312";
 n_letter[7]="&#1084";
 n_letter[8]="&#959";
 n_letter[9]="&#1088";
 n_letter[10]="&#1075";
 n_letter[11]="&#1109";
 n_letter[12]="&#965";
 n_letter[13]="&#957";
 n_letter[14]="&#969";
 n_letter[15]="&#1093";
 n_letter[16]="&#1199";

}

ifstream ingr ;
ofstream usc ;
ingr.open( "source.txt", ios::in);
if (ingr.fail()) exit(-1);
usc.open("dest.txt", ios::out);
if (usc.fail()) exit(-1);
usc<<"<p style=\"text-align: justify;\"><font face=\"Arial\">";
string str;
size_t found;
while (!ingr.eof()){
     stringstream paragrafo;
     getline(ingr, str);
     paragrafo << str;
     if (ingr.bad()) exit(-1);
     while (!paragrafo.eof()){
         paragrafo >> str;
         unsigned int sostituzioni, max_sosti;
         if (str.length()<=2)
            max_sosti=1;
         else
            max_sosti=2;
         sostituzioni=0;
         do{
            found=string::npos;
            int i=0;
            for(; (i<17)&&(found==string::npos); i++)
                   found=str.find(o_letter[i]);
            if (found!=string::npos) {str.replace(found,1,n_letter[i-1]);
                                      sostituzioni++;
                                      }
            else break;
           }while(sostituzioni<max_sosti);
    usc<<str<<" ";
    }
usc<<"</font></p>"<< endl;
usc<<"<p style=\"text-align: justify;\"><font face=\"Arial\">";
}
usc<<"</font></p>"<<endl;
usc<<"<p style=\"text-align: justify;\"></p>"<<endl;
usc<<"<p style=\"text-align: justify;\">fonte: xxxxx.it</p>"<<endl;
usc<<"<p style=\"text-align: justify;\"></p>"<<endl;
ingr.close();
usc.close();
return 0;
}
Eccovi il codice definitivo con cui ho risolto il problema devo dire che alla fine non era cosi difficile e a grazie al sito http://www.cplusplus.com/reference/ non ci sono stato tanto, c'è davvero tutto.
Mi scuso per il titolo poco esaustivo, devo scrivere Risolto adesso?