Di solito aborro le automazioni perché sono fonte di errori non gestibili dall'utente.
Spesso fai molto prima ad imparare ad usare lo strumento e a scrivere la entry.

Quello che tu hai stampato a video e rediretto su file non è altro che il classpath del progetto, composto dalle librerie su cui ti appoggi e dai tuoi sorgenti.
Come vedi ti aggiunge roba con path assoluti e ti aggiunge roba direttamente imputabile ad eclipse (quindi in genere dall'esterno non è certo che ti serva e che sia visibile).

Non ho capito bene cosa devi fare con ant, ma in generale se devi includere delle librerie devi specificare il path in cui trovarle, path che non coincide (in linea di principio) con quello di eclipse e che non include tutto quello che mette eclipse.