puoi star certo che il codice postato nell'esempio è corretto, devi aver fatto qualche modifica nel codice che genere l'errore... hai provato a vedere se l'array $output è valorizzato correttamente prima che venga codificato in json?

Forse sarebbe meglio postare nel forum di datatables.net
Si decisamente, cmq anche qui troverai sicuramente chi ti aiuterà a risolvere il problema...