Se non ho capito male vuoi fare in modo che dato un certo numero, si individui quante volte un altro numero dato dall'utente si trova all'interno del numero dato in precedenza. Io non lavorerei con variabili di tipo numerico, ma stringhe. Un numero è un carattere almeno quanto una lettera dell'alfabeto. Prendi in input il numero sotto forma di stringa:
codice:
......
char numero[x];
char cifra;
int i, count=0;
scanf("%s",numero);
scanf("%c",cifra);
for(i=0;i<strlen(numero);i++){
    if(numero[i]==cifra){
        count++;
    }
}
.....
Devi ovviamente includere l'header string.h