forse fai un po' di confusione... in maniera un po' informale ti dico: pensa che "in php" tu generi del codice html+javascript che poi alla fine dell'esecuzione (del php) andrà a formare la pagina e sarà interpretato (visualizzato l'html e interpretato il codice js)... quello che scrivi potrebbe funzionare, ma bisogna vedere il resto della pagina che viene generato com'è fatto.

Se il tuo "if" viene soddisfatto sarà comunque generata un'intera pagina HTML... se non passano i 5 secondi (come dici) secondo me in realtà la tua situazione è questa (ma è solo una mia ipotesi):

- tu hai una pagina "A" in cui avviene una qualche azione
- l'azione richiama lo script php in cui fai il controllo e che genera la nuova pagina che poi reindirizza (se il reindirizzam. avviene) a se stessa dopo 5 secondi

Dovresti postare per maggiori chiarimenti:
- i nomi (anche fittizi) delle pagine in gioco
- l'azione che genera il reindirizzamento