non avendo il sorgente completo del tuo form(visti i puntini di sospensione) l'ho provato commentando la parte che controlla i checkbox e il form fa il submit normalmente, quindi il mio consiglio se vuoi farti dare una mano è quello di postare il form completo checkbox compresi, se vuoi sistemarlo da te molto probabilmente il problema è nel for

codice:
checkati=2;
for(i=0;i<el1.value;i++){
    //el2=document.getElementById('chk_'+i);
    //if(el2.checked == true) checkati++;
}
if(checkati==0) alert("Devi scegliere almeno un nominativo da inserire nel gruppo!");
else{
   el1=document.getElementById('mdfgrp');
   el1.value="1";
   document.frmmdfgrp.submit();
}

Come vedi ho commentato le 2 istruzioni e per provare il submit ho forzato il valore di checkati diverso da zero e il submit avviene senza errori.

Per la cronaca ho provato solo su firefox.