Ma forse ho capito male io, non si sta parlando di stile delle pagine, ma di inclusione delle pagine stesse in piu' files......

codice:
...Lo scopo principale è quello di fare in modo che i cambiamenti apportati al menu laterale, alla grafica, e alla struttura della pagina vengano applicati a tutte le pagine del mio sito...
Quindi di CSS, a mio parere, sono un passo successivo.........

Ad esempio potresti creare un file php chiamato "top.php" e metterci la testata del tuo sito in html o parti dinamiche in php.

Ad esempio il contenuto di top.php potrebbe essere
codice:
<html>
<head><title>Sito di prova</title></head>
<body>
[img]banner.jpg[/img]
Poi, nella masterpage metti in alto la direttiva
Codice PHP:
<?php
include ("top.php");
?>
e tutte le pagine che hanno questa direttiva includeranno il pezzo top del template, vale a dire il banner, quindi volendo modificare un giorno, ad esempio, l'immagine di testata di TUTTE le pagine, basta fare questa modifica solo nel file "top.php" e viene ereditata automaticamente da tutte - un po' come fanno tutti i comuni CMS.

Giusto?