Io toglierei il DOCTYPE, anche perchè non lo segui nella pagina.

Togli /* <![CDATA[ */ e /* ]]> */ che servono solo se scrivi in XHTML, o HTML5 con sintassi XHTML.

Questa riga è un po' strana:
document.write('<s'+'cript type="text/javascript" src="http://ad.altervista.org/js.ad/size=728X90/r='+new Date().getTime()+'"><\/s'+'cript>');

Effettivamente dovrebbe creare il tag <script> solo dopo aver trovato </script>, ma Firefox probabilmente non lo fa e quindi crea due <script> annidati, e se è così questo lo manda in confusione. Prova a fare così e vedi se funziona:

<center id="banner"></center>
<script type="text/javascript">
google_color_border = "ffff00";
google_color_bg = "000000";
google_color_link = "660066";
google_color_url = "660066";
google_color_text = "ffffff";
google_ui_features = "rc:6";
var tag = '<script src="http://ad.altervista.org/js.ad/size=728X90/r=' + new Date().getTime() +'"></script>';
document.getElementById("banner").innerHTML = tag;
</script>