Creare una sfumatura identica non sarà certo immediato e semplice.
Non utilizzo illustrator e non so dirti come muoverti esattamente ma è certo che devi lavorare con curve bezier e creare tanti livelli e quante sfumature necessarie pre ricreare la colorazione originale.
Per quanto riguarda la frammentazione delle sfumature che noti su diversi file, molto probabilmente è solo l'importazione non perfetta del tuo software.