E se al posto di sincronizzare e/o condividere usassi una macchina virtuale Ubuntu in Windows? Non vedo il motivo per testare tutto sia su windows e su linux, tanto meno incasinare le cose avendo accesso sia da Linux che da Windows. Al massimo metti tutto su un SVN ed ogni volta che fai una modifca con windows, aggiorni l'svn e altretanto se fai una moficifa con Linux. Cosi hai sotto controllo sempre il tuo progetto.