Non sono gli spazi e righe vuote dento i tag <?php ?> che devi controllare, ma quelli fuori, sono quelli che vengono riconosciuti come stringhe html.

Ad esempio se includi un file php che alla fine ha ?>_ (con _ intendo uno spazio vuoto), bene, quello è un output che ti darà fastidio.

Dentro i tag php devi solo controllare che non ci siano echo e print prima delle funzioni incriminate.