mod rewrite lavora a livello apache ed ha a che fare solo con la riscrittura dell'url, nei vari CMS tru cui quelli citati spesso si usa un file detto di bootstrap e vale a dire che qualsiasi cosa si digiti nell'url passa da qui, poi nel file bootstrap vengono fatte le computazioni del caso per rendere la pagina desiderata.

Se vuoi realizzare un qualcosa del genere da solo devi avere una base di MVC ( Model View Controller) e immaginare i siti web in maniera differente dal solito.

Penso comunque che per un progetto personale, hai una base ottima con Zend Framework, dipende se ne vale la pena perchè la curva di apprendimento per bootstrap file e progettazione è abbastanza ripida.