Ciao.
Per i file "scomparsi":
scarica questo tooll sul desktop :
http://download.bleepingcomputer.com/grinler/unhide.exe

Doppio click sull'icona Unhide.exe .
Finita la scansione,ti esce una finestra in cui ti dice, che i file sono visibili, (Your files should now be visible )clicca ok, e chiudi il programma.
Riavvia il pc.

Poi fai questa scansione:
Scarica Combofix (usa Internet Explorer)

http://download.bleepingcomputer.com/sUBs/ComboFix.exe

Salvalo sul desktop . (è obligatorio )

Importante: Disabilita il tuo antivirus e chiudi TUTTI i programmi aperti,(Firewall compreso) e dopo aver scaricato COMBOFIX, chiudi la connessione.

Doppio click su combofix.exe (se usi Vista: tasto destro su Combofix.exe e clicca su: "Esegui come Amministratore " )

Se ti verrà chiesto se vuoi Installare LA CONSOLE DI RIPRISTINO DI EMERGENZA, clicca NO .

E' probabile che ti siano inviati messaggi dall'antivirus,(o dallo stesso Combofix) tu ignorali .

Durante l'operazione di scansione è importante non usare il PC (neanche il mouse) e attendere pazientemente la fine delle operazioni.
Al termine, verrà creato un file log sul Desktop, chiamato C:\ComboFix.txt.
Postalo qui.

Per postare il log:

Collegati ad internet e vai alla pagina WikiSend: http://www.wikisend.com/
Clicca sul bottone "Sfoglia "
Seleziona il file appena salvato
Clicca su Upload file
Dopo qualche secondo, vieni spostato su una nuova pagina con il link in diversi formati:
Download Link / Forum Link
Seleziona Forum Link, copialo e incollalo in un nuovo messaggio per il forum.

P.S:
La scansione (se puoi) la fai in Modalità normale .