Beh, il PHP con lo scopod di essere utilizzato all'interno di pagine HTML e per questo motivo è naturale che la logica di presentazione e la logica di business non siano disaccoppiate. Come ti è stato detto comunque esistono soluzioni che ti permettono di farlo, basta scegliere uno dei tanti framework disponibili.

Comunque se ho capito bene la tua domanda nel primo post credo che il mio primo messaggio risponde almeno in parte a quello che chiedi